Dirigida por el organista y cembalista Joxe Benantzi Bilbao, este grupo ha recuperado un gran número de obras musicales de los archivos eclesiasticos españoles, interpretando así música inédita de Mathias Navarro, como son las Vísperas para la festividad de los Dolores de la Virgen fechadas en 1715, obra que incluye las antífonas recuperadas de un antifonario propio de 1772 de la Catedral de Orihuela y que fué estrenada en el Festival de música antigua de Alaquás (Valencia) en 2002.
La Capella Joan Baptista Comes ha ofrecido conciertos en importantes ciclos y festivales por toda la geografía española participando entre otros en el Corral de Comedias de Alcalá de Henares, en Murcia, Alicante, Valencia, Cataluña, Huesca, Ciudad Rodrigo, Páis Vasco, Galicia y también en Alemania, Italia y Filipinas.